Kebun Raya Bogor pada mulanya merupakan bagian dari 'samida' (hutan buatan atau taman buatan) yang paling tidak telah ada pada pemerintahan Sri Baduga Maharaja (Prabu Siliwangi, 1474-1513) dari Kerajaan Sunda, sebagaimana tertulis dalam prasasti Batutulis. Hutan buatan itu ditujukan untuk keperluan menjaga kelestarian lingkungan sebagai tempat memelihara benih benih kayu yang langka. Di samping samida itu dibuat pula samida yang serupa di perbatasan Cianjur dengan Bogor (Hutan Ciung Wanara). Hutan ini kemudian dibiarkan setelah Kerajaan Sunda takluk dari Kesultanan Banten, hingga Gubernur Jenderal van der Capellen membangun rumah peristirahatan di salah satu sudutnya pada pertengahan abad ke-18.
Pada awal 1800-an Gubernur Jenderal Thomas Stamford Raffles, yang mendiami Istana Bogor dan memiliki minat besar dalam botani, tertarik mengembangkan halaman Istana Bogor menjadi sebuah kebun yang cantik. Dengan bantuan para ahli botani, W. Kent, yang ikut membangun Kew Garden di London, Raffles menyulap halaman istana menjadi taman bergaya Inggris klasik. Inilah awal mula Kebun Raya Bogor dalam bentuknya sekarang.
Pada tahun 1814 Olivia Raffles (istri dari Gubernur Jenderal Thomas Stamford Raffles) meninggal dunia karena sakit dan dimakamkan di Batavia. Sebagai pengabadian, monumen untuknya didirikan di Kebun Raya Bogor.
Ide pendirian Kebun Raya bermula dari seorang ahli biologi yaitu Abner yang menulis surat kepada Gubernur Jenderal G.A.G.Ph. van der Capellen. Dalam surat itu terungkap keinginannya untuk meminta sebidang tanah yang akan dijadikan kebun tumbuhan yang berguna, tempat pendidikan guru, dan koleksi tumbuhan bagi pengembangan kebun-kebun yang lain.
Prof. Caspar Georg Karl Reinwardt adalah seseorang berkebangsaan Jerman yang berpindah ke Belanda dan menjadi ilmuwan botani dan kimia. Ia lalu diangkat menjadi menteri bidang pertanian, seni, dan ilmu pengetahuan di Jawa dan sekitarnya. Ia tertarik menyelidiki berbagai tanaman yang digunakan untuk pengobatan. Ia memutuskan untuk mengumpulkan semua tanaman ini di sebuah kebun botani di Kota Bogor, yang saat itu disebut Buitenzorg (dari bahasa Belanda yang berarti "tidak perlu khawatir"). Reinwardt juga menjadi perintis di bidang pembuatan herbarium. Ia kemudian dikenal sebagai seorang pendiri Herbarium Bogoriense.
Pada tahun 18 Mei 1817, Gubernur Jenderal Godert Alexander Gerard Philip van der Capellen secara resmi mendirikan Kebun Raya Bogor dengan nama s'Lands Plantentuinte Buitenzorg. Pendiriannya diawali dengan menancapkan ayunan cangkul pertama di bumi Pajajaran sebagai pertanda dibangunnya pembangunan kebun itu, yang pelaksanaannya dipimpin oleh Reinwardt sendiri, dibantu oleh James Hooper dan W. Kent (dari Kebun Botani Kew yang terkenal di Richmond, Inggris).
Sekitar 47 hektare tanah di sekitar Istana Bogor dan bekas samida dijadikan lahan pertama untuk kebun botani. Reinwardt menjadi pengarah pertamanya dari 1817 sampai 1822. Kesempatan ini digunakannya untuk mengumpulkan tanaman dan benih dari bagian lain Nusantara. Dengan segera Bogor menjadi pusat pengembangan pertanian dan hortikultura di Indonesia. Pada masa itu diperkirakan sekitar 900 tanaman hidup ditanam di kebun tersebut.
Pada tahun 1822 Reinwardt kembali ke Belanda dan digantikan oleh Dr. Carl Ludwig Blume yang melakukan inventarisasi tanaman koleksi yang tumbuh di kebun. Ia juga menyusun katalog kebun yang pertama berhasil dicatat sebanyak 912 jenis (spesies) tanaman. Pelaksanaan pembangunan kebun ini pernah terhenti karena kekurangan dana tetapi kemudian dirintis lagi oleh Johannes Elias Teysmann (1831), seorang ahli kebun istana Gubernur Jenderal Johannes van den Bosch. Dengan dibantu oleh Justus Karl Hasskarl, ia melakukan pengaturan penanaman tanaman koleksi dengan mengelompokkan menurut suku (familia).
Teysmann kemudian digantikan oleh Dr. Rudolph Herman Christiaan Carel Scheffer pada tahun 1867 menjadi direktur, dan dilanjutkan kemudian oleh Prof. Dr. Melchior Treub.
Pendirian Kebun Raya Bogor bisa dikatakan mengawali perkembangan ilmu pengetahuan di Indonesia. Dari sini lahir beberapa institusi ilmu pengetahuan lain, seperti Bibliotheca Bogoriensis (1842), Herbarium Bogoriense (1844), Kebun Raya Cibodas (1860), Laboratorium Treub (1884), dan Museum dan Laboratorium Zoologi (1894).
Pada tanggal 30 Mei 1868 Kebun Raya Bogor secara resmi terpisah pengurusannya dengan halaman Istana Bogor.
Pada mulanya kebun ini hanya akan digunakan sebagai kebun percobaan bagi tanaman perkebunan yang akan diperkenalkan ke Hindia-Belanda (kini Indonesia). Namun pada perkembangannya juga digunakan sebagai wadah penelitian ilmuwan pada zaman itu (1880 - 1905).
Kebun Raya Bogor selalu mengalami perkembangan yang berarti di bawah kepemimpinan Dr. Carl Ludwig Blume (1822), JE. Teijsmann dan Dr. Hasskarl (zaman Gubernur Jenderal Van den Bosch), J. E. Teijsmann dan Simon Binnendijk, Dr. R.H.C.C. Scheffer (1867), Prof. Dr. Melchior Treub (1881), Dr. Jacob Christiaan Koningsberger (1904), Van den Hornett (1904), dan Prof. Ir. Koestono Setijowirjo (1949), yang merupakan orang Indonesia pertama yang menjabat suatu pimpin lembaga penelitian yang bertaraf internasional.
Pada saat kepemimpinan tokoh-tokoh itu telah dilakukan kegiatan pembuatan katalog mengenai Kebun Raya Bogor, pencatatan lengkap tentang koleksi tumbuh-tumbuhan Cryptogamae, 25 spesies Gymnospermae, 51 spesies Monocotyledonae dan 2200 spesies Dicotyledonae, usaha pengenalan tanaman ekonomi penting di Indonesia, pengumpulan tanam-tanaman yang berguna bagi Indonesia (43 jenis, di antaranya vanili, kelapa sawit, kina, getah perca, tebu, ubi kayu, jagung dari Amerika, kayu besi dari Palembang dan Kalimantan), dan mengembangkan kelembagaan internal di Kebun Raya yaitu:
* Herbarium
* Museum
* Laboratorium Botani
* Kebun Percobaan
* Laboratorium Kimia
* Laboratorium Farmasi
* Cabang Kebun Raya di Sibolangit, Deli Serdang dan di Purwodadi, Kabupaten Pasuruan
* Perpustakaan Fotografi dan Tata Usaha
* Pendirian Kantor Perikanan dan Akademi Biologi (cikal bakal IPB).
Kebun Raya Bogor sepanjang perjalanan sejarahnya mempunyai berbagai nama dan julukan, seperti
* s'Lands Plantentuin
* Syokubutzuer (zaman Pendudukan Jepang)
* Botanical Garden of Buitenzorg
* Botanical Garden of Indonesia
* Kebun Gede
* Kebun Jodoh
Berlokasi di Jl. Ir. H. Juanda No. 13 Telp. (0251) 311362.
Botanical Garden was built in 1817 with its area 87 Ha by its initiator Prof. Dr. Reinwadt, a botanical professor from Germany.Botanical Garden's collection consist of tropical flora more than 20.000 varieties and 6.000 species. Located on Jl. Ir. H. Juanda No. 13 Phone. (0251) 311362.
“Salah satu tuntutan dan konsekuensi menjadi pejabat struktural adalah untuk meningkatkan disiplin Pegawai Negeri Sipil (PNS), menjadi figur panutan bagi PNS lainnya, mentaati ketentuan jam kerja serta memelihara integritas moral sesuai dengan Peraturan Pemerintah (PP No.53 tahun 2010)”, ujar Nurhayanti.
